Kazuya Gunji commence ses études de musique à l'Université des arts de Tokyo. Depuis l'automne 2007 jusqu'à juin 2013, il est étudiant de la classe de clavecin au Conservatoire national Supérieur de Musique et de Danse de Lyon (CNSMD) où il obtient le Diplôme National d'Étude Supérieures Musicales avec la mention Très bien à l'unanimité avec félicitation du jury et le Master de basse-continue. En août 2010, il remporte le plus haut prix de clavecin du Concours International Musica Antiqua à Bruges.
Depuis 2005, il se produit comme soliste ou accompagnateur avec plusieurs orchestres et ensembles comme l'Opéra national de Lyon, l'Opéra de Toulon, l'Orchestre d'Auvergne, l'Orchestre de chambre de Paris, Het Noord Nederlande Orkest (Pays-Bas), Gumma Symphony Orchestra (Japon) , Bach Collegium Japan, l'ensemble Artifices, l'ensemble Nulla Dies Sine Musica, et l'ensemble Capella Sanctae Crucis.